嘉善一院内镜中心位于门诊楼三楼东区，总面积400余平方米，是复旦大学附属中山医院·嘉善县第一人民医院医疗协作中心的重点协作专科之一。
现有医师15名，其中硕士研究生6名，浙江省医坛新秀培养对象1人，嘉兴市新世纪专业技术带头人后备人才1人，第二批嘉兴市杰出人才培养对象1人，嘉善名医2人。
科室设备齐全，拥有全球最高端的奥林巴斯290主机3台，奥林巴斯260主机1台，电子胃肠镜、电子放大内镜、十二指肠镜、支气管镜、德国产氩离子凝固电切设备等，可开展内镜下粘膜剥离术（ESD）、内镜下粘膜切除术（EMR）、十二指肠乳头括约肌切开术、十二指肠乳头括约肌球囊扩张术、胆总管取石、经内镜黏膜下隧道肿瘤切除术（STER）、经内镜下胃全程切除术（EFTR）等。
